A Főiskolánk Magyarországon a hinduizmus világvallását önállóan képviselő felsőfokú teológiai tanintézmény. A névadónk, A. C. Bhaktivedanta Swami Prabhupāda az Indián kívüli világban hitelesen terjesztette el a gaudíja-vaisnava vallásbölcseletet, és millióknak tette elérhetővé az önmegvalósítás eszközeként a bhaktit, az Isten [Krisna] iránti szeretet kialakításának folyamatát.
A Főiskola küldetése az, hogy az akkreditált felsőoktatási intézményi lehetőségeivel élve beteljesítse a névadója által 1966-ban alapított Krisna-tudat Nemzetközi Szervezete (ISKCON) misszióját, azaz módszeresen terjessze a lelki tudást a társadalomban, és így a világra igazi egység és béke köszöntsön. Ennek a küldetésnek a megvalósításának érdekében a Főiskola törekszik elültetni hallgatókba a tiszta istenszereteten alapuló szolgálatba és az Istenség Legfelsőbb Személyiségébe vetett hitet. Emellett a bhaktihoz, a tiszta istenszeretethez közvetlenül nem kapcsolódó tudományok – mind a védikus, mind a modern tudományok, művészetek – ismereteit is a gaudíja-vaisnava filozófia szemléletében adja át az érdeklődőnek, ezáltal is lehetőséget nyújtva a lelki önmegvalósítás, az Istennel való kapcsolat fejlesztésére.
Így tehát a Főiskola a missziója beteljesítése érdekében szisztematikus tudományos képzést és továbbképzést nyújt nemcsak a Krisna-hívők, hanem a laikus vagy más felekezeti hovatartozású érdeklődők számára is, valamint tudományos kapcsolatokat épít és tart fenn az ISKCON Bhaktivedanta Intézeteivel és más hazai és külföldi teológiai és világi felsőoktatási intézményekkel.