A Bhaktivedanta Hittudományi Főiskola minőségmenedzsment tevékenységét a Minőségbiztosítási Bizottság (MBB), mint funkcionális szervezeti egység koordinálja. Az MBB a Szenátussal és a Főiskola más szervezeti egységeivel együttműködve látja el a z intézmény minőségirányítási rendszerének működtetését, folyamatos fejlesztését. Az MBB négy tagú bizottság, amelyben a mindenkori rektor személyében képviselteti magát a Főiskola vezetése, a Tanári Tudományos Tanács által választott tag személyében az oktatók, a Szenátus által választott tag esetében a nem oktató munkatársak, valamint a hallgatók esetében a HÖK mindenkori elnöke.
Az intézmény belső minőségbiztosítási szabályait az Bhaktivedanta Hittudományi Főiskola Minőségbiztosítási Szabályzata határozza meg, mely ezen a linken érhető el. A szabályzatban foglaltak szerint az MBB által koordinált minőségirányítási rendszer célja, hogy a Főiskola hagyományaihoz és kialakult szervezetéhez, valamint a fenntartói elvárásokhoz alkalmazkodva erősítse a magas színvonalú oktatás feltételeinek biztosítását, fejlesztését, tervezését; segítse elő a képzésben részt vevő szervezeti egységek feladatainak összehangolását, és a tanszékek közötti hatékony együttműködést. Mindezek érdekében az MBB évenként meghatározza a Főiskola minőségcéljait, amelyeket elfogadásra a Szenátus elé terjeszt, majd azok elfogadása után különböző fórumokon megismerteti a Főiskola polgáraival.